El programa cuenta con dos Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC) en las que se integran los trabajos de investigación de los alumnos y profesores del programa. Estas son:
1. Innovación, tecnología y diseño, referido a procesos de innovación social y transformadora que incluya el diseño de procesos productivos, generación de prototipos, herramientas y procesos de gestión, de nuevas metodologías para diagramar, prototipar, simular o modelar, para el desarrollo de estrategias, proyectos o procesos que transformen e incidan en la solución de problemas comunitarios y el hábitat, en diferentes contextos sociales, económicos y ambientales nacionales y/o regionales y/o estatales y/o locales.
2. Sustentabilidad, hábitat y sociedad, referido al diseño de políticas públicas, de prototipos, herramientas y procesos de gestión, nuevas metodologías que atiendan a los desafíos urbano-territoriales y en materia de vivienda y las distintas escalas del hábitat con un enfoque transterritorial (urbano y rural), que generen proyectos de investigación de incidencia que contribuyan a la producción social y acceso justo al hábitat y a ciudades y comunidades sustentables, integradas, equitativas y con enfoque de género.